O setor de Controle Interno, subordinado diretamente ao Gabinete do Secretário de Estado da Casa Civil e com vinculação técnica ao órgão central do Sistema Administrativo de Controle Interno da Controladoria Geral do Estado - CGE, tem como principais atribuições emitir o Relatório de Controle Interno, quando exigível, o Relatório de Controle Interno Específico Anual; emitir parecer sobre a regularidade dos atos de admissão de pessoal; monitorar o controle e registro das contas bancárias dos órgãos e das entidades integrantes da administração pública estadual; acompanhar e orientar a correta implementação dos estágios da despesa pública; aferir o monitoramento das regularidades do órgão, fundo ou entidade; fiscalizar a implementação das ações necessárias ao saneamento das inconsistências apresentadas no Portal do Gestor Público Estadual; emitir o parecer do controle interno na prestação de contas e na tomada de contas especial; alertar formalmente a autoridade administrativa competente sempre que tomar conhecimento da ausência de prestação de contas ou quando ocorrer desfalque, desvio de dinheiro, bens ou valores públicos, ou ainda se caracterizada a prática de qualquer ato ilegal, ilegítimo ou antieconômico de que resulte prejuízo ao erário; registrar, acompanhar e controlar os prazos de instauração e conclusão das tomadas de contas especiais e, em caso de omissão, emitir o Relatório de Controle Interno Específico.